Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đảm bảo cho người chơi rằng việc chọn một nhân vật chính sẽ không ảnh hưởng đáng kể đến trải nghiệm của họ. Trò chơi có hai nhân vật có thể chơi được: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một Samurai châu Phi lịch sử, người đã đưa ra cuộc thảo luận trước khi phát hành.
Những lo ngại nảy sinh rằng việc tập trung vào một nhân vật có thể dẫn đến việc bỏ lỡ các điểm cốt truyện quan trọng hoặc trò chơi. Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đã giải quyết những mối quan tâm này, mô tả cách tiếp cận cân bằng của riêng mình: ông xen kẽ giữa Naoe và Yasuke, chơi vài giờ với một trước khi chuyển sang người kia.
Tuy nhiên, Dumont nhấn mạnh rằng người chơi được tự do ưu tiên tính cách ưa thích của họ mà không gây bất lợi đáng kể. Trong khi mỗi nhân vật chính tự hào có các chuỗi giới thiệu độc đáo và cốt truyện cá nhân, thì câu chuyện cốt lõi thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Anh ấy khuyến khích người chơi chơi như họ muốn:
"Trò chơi được thiết kế để bạn sẽ không bỏ lỡ nhiều, bất kể sự lựa chọn của bạn. Đó là tất cả về sở thích cá nhân. Bạn có thể thử nghiệm để xem trò chơi phản ứng như thế nào với lựa chọn nhân vật của bạn. Mỗi anh hùng có những khởi đầu và nhiệm vụ cá nhân độc đáo của riêng họ, nhưng trải nghiệm tổng thể là linh hoạt và thích nghi với yêu thích của bạn."