O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar à falta de pontos cruciais da trama ou jogabilidade. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre Naoe e Yasuke, jogando várias horas com uma antes de mudar para o outro.
No entanto, Dumont enfatiza que os jogadores são livres para priorizar seu caráter preferido sem prejuízo significativo. Enquanto cada protagonista possui sequências introdutórias únicas e histórias pessoais, a narrativa principal se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a jogar como desejarem:
"O jogo foi projetado para que você não perca muito, independentemente de sua escolha. É tudo sobre preferência pessoal. Você pode experimentar para ver como o jogo reage à sua seleção de personagens. Cada herói tem seu próprio começo e missões pessoais, mas a experiência geral é flexível e se adapta ao seu favorito".